2013年9月25日，省卫生厅公布了第二批云南省医疗质量控制中心，批准挂靠我院成立云南省急诊医学质量控制中心、临床输血质量控制中心、儿科疾病诊疗质量控制中心、内分泌疾病诊疗质量控制中心、病理质量控制中心、超声诊断质量控制中心、X线诊断质量控制中心共7个省级临床医疗质量控制中心。

截止目前，我院已成立11个省级医疗质量控制中心（含2009年首批成立的心血管疾病医疗质量控制中心、血液透析质量控制中心、临床麻醉质量控制中心、药事管理及临床药学质量控制中心4个云南省医疗质量控制中心）。