昆明医科大学第一附属医院于1986年开始实施重点学科建设工作，“十一五”期间获批临床医学、内科学、妇产科学、眼科学、精神病与精神卫生学5个省级重点学科。“十二五”期间，我院成为省级优势特色学科群——临床医学学科建设牵头单位，“十三五”期间，成为省级一流学科——临床医学学科建设牵头单位。获批国家级重点研究室1个，教育部创新团队1个，2017年获批国家干细胞临床研究机构。目前共有云南省临床重点学科（临床医学中心）5个，云南省临床医学研究中心1个，云南省院士专家工作站19个；云南省重点实验室3个，云南省工程技术研究中心2个，云南省工程研究中心1个，云南省协同创新中心1个，云南省创新团队12个，昆明医科大学科技创新团队15个。省医疗卫生单位内设研究机构等级和数量在省内独占鳌头，有8个研究所，22个研究中心；被国家食品药品监督管理局认定为国家药物临床试验机构，14个专业具有药物临床试验资格；6个学科被遴选为昆明医科大学重点建设学科。

学科建设使医院各专业领域处于领先水平,人才、学科建设造就了德技双杰的技术和管理团队,加强了医院文化，营造了追求卓越的氛围。