病理科始建于1960年，隶属于检验科，1984年独立成科，为云南省最早的病理科。我科目前为科室作为云南省病理质量控制中心、云南省医学会病理分会主任委员单位。

科室现有职工35人，其中主任医师1人，副主任医师1人，副教授1人，主治医师11人；主管技师2人；硕士及以上学历占66.7%。

科室拥有荧光定量PCR仪（ABI7500）、全自动组织包埋盒打号机、免疫组化染色机（Thermo）、大容量组织脱水机（Leica）、十人共览显微镜（Olympus）、原位杂交仪（Abbott）等国际先进设备。同时，根据疾病发病情况及病变的复杂性，建立了胃肠消化系统疾病、肺脏疾病、乳腺疾病、软组织肿瘤、中枢神经系统疾病和淋巴造血系统疾病6个不同病理诊断亚专科技术团队，形成了一个较为完善的病理形态—免疫组化—分子病理综合病理诊断平台，极大地提高了病理诊断质量，满足了临床个体化治疗要求。目前，科室除了为本院的患者提供病理诊断外，还接受省内各州县级和来自西南地区如贵州、四川省部分地区的病理切片会诊。

科室承担了昆明医科大学本科/专业学位硕士实习、教学任务，每年平均培养人数共计200余名。科室现有硕士生导师3人，博士生导师1人，已培养毕业硕士研究生15人；2014年后，作为“云南省住院医师规范化培临床病理/口腔病理专业训基地”，已面向全省培养规培住院医师15人。

科室先后承担省级和国家级项科研项目30余项，其中国家自然科学基金8项；发表论著100余篇，其中SCI收录36篇,（单篇影响因子达到22.5），获得云南省卫生科技成果二等奖1项，云南省科技进步二等奖3项，获云南省科技进步三等奖4项，昆明医科大学"十佳杰出医学专家"，“云南省高层次卫生健康技术人才/名医”等荣誉。